(1)防潮，如果室内潮湿，光学镜片就容易生霉、生雾。镜片一旦生霉，很难除去。显微镜内部的镜片由于不便擦拭，潮湿对其危害性更大。机械零件受潮后，容易生锈。为了防潮，存放显微镜时，除了选择干燥的房间外，存放地点也应离墙、离地、远离湿源。显微镜箱内应放置1～2袋硅胶作干燥剂。并经常对硅胶进行烘烤。在其颜色变粉红后，应及时烘烤，烘烤后再继续使用。
(2)防尘光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大。因此，必须经常保持显微镜的清洁。
(3)防腐蚀，显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起。如硫酸、盐酸、强碱等。
(4)防热，防热的目的主要是为了避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。
(5)当载物台垫片圆孔中心的位置远离物镜中心位置时不要切换物镜，以免划伤物镜。
(6)亮度调整切忌忽大忽小，也不要过亮，影响灯泡的使用寿命，同时也有损视力。
(7)非专业人员不要调整照明系统(灯丝位置灯)，以免影响成像质量。
(8)更换卤素灯时要注意高温，以免灼伤；注意不要用手直接接触卤素灯的玻璃体。不经常使用的光学部件放置于干燥皿内。
(9)固琦显微镜目镜可以用脱脂棉签蘸1:1比例混合液体甩干后擦拭，不要用其他液体，以免损伤目镜。
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