倒置显微镜的结构主要分为叁部分：机械部分、照明部分和光学部分。这叁部分的组成与普通光学显微镜相同。倒置显微镜是一种常用的显微镜，属于生物显微镜。主要用于观察培养皿、培养瓶和96孔微孔板中的样品。最常见的观测方法是相位差法。由于该方法不需要染色，因此是观察活细胞和微生物的理想方法。
倒置生物显微镜的使用方法：
(1)与双筒显微镜类似，但因为它的特殊用法，还要注意一些常见的问题，如在使用倒置显微镜观察时可以通过调节铰链式双目目镜方便使用者使用时更舒适。
(2)当在使用过程中，因为载物台和物镜相对位置的变化，组织培养液或水会很容易洒到显微镜上，此时为了防止显微镜的损坏要立刻切断电源，擦去组织液或水，对于载物台、物镜等敏感场所要特别注意。
(3)对于光源的控制也要注意，转动光强调节钮时切忌小心，不可太过，以防损坏。使用完毕后一定要将物镜置于载物台下方，保持清洁。这一步可以通过转动叁孔转换器实现。
倒置生物显微镜的应用：
用于微生物、细胞、细菌、组织培养、悬浮体、沉淀物等的观察，可连续观察细胞、细菌等在培养液中繁殖分裂的过程，并可将此过程中的任一形态拍摄下来。在细胞学、寄生虫学、肿瘤学、免疫学、遗传工程学、工业微生物学、植物学等领域中应用广泛。
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