倒置生物显微镜是生物实验教学中比较常用的仪器，由于它是一种精密贵重仪器，所以在日常的使用中我们一定要注意一些事项。如：不要自行拆卸各部件；镜筒要插上目镜或目镜盖，避免灰尘从镜筒上部进入；透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许二甲苯或石油醚擦拭，但注意不要在透镜表面划出条纹。
倒置生物显微镜不可与腐蚀性酸类、碱类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片；若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，更不要沾到物镜上。
有时在倒置生物显微镜的视野中发现有污点或异物，可先转动目镜，如果这些污点跟着旋转，则可确定污点是在目镜上；否则，可移动标本片，如污点跟着移动，则污点是在标本片上。如果两者都不是，则污点是在物镜上，可先检查物镜的前镜头，然后检查后镜头。根据不同情况进行清洁处理。
使用油镜后，须将镜头上的香柏油擦拭干净(可用擦镜纸蘸少许二甲苯拭擦，但注意二甲苯不能渗入镜头内部，否则二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片脱落)。
若机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少许：拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆)，再用少许液体石蜡润滑；旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。
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